级别不同，地理位置不同，建筑面积不同，珍藏品数量和规模不同。

1、级别不同：首都博物馆是集收藏、展览、研究、考古、公共教育、文化交流于一体的博物馆，是北京地区大型综合性博物馆，属中国省市级综合性博物馆。国家博物馆是历史与艺术并重，集收藏、展览、研究、考古、公共教育、文化交流于一体的综合性博物馆，隶属于中华人民共和国文化部。

2、地理位置不同：首都博物馆位于北京长安街西延长线上、白云路的西侧，复兴门外大街16号；国家博物馆位于北京市中心天安门广场东侧，东长安街南侧，与人民大会堂东西相对称。

3、建筑面积不同：国家博物馆是世界上建筑面积最大的博物馆，总建筑面积近20万平方米。总用地面积7万平方米。建筑高度42.5米，地上5层，地下2层。首都博物馆总建筑面积63390平方米，是全世界最受游客欢迎的博物馆之一。

4、珍藏品数量和规模不同：首都博物馆常设展览藏品数量为5622件，展馆有地上五层、地下二层。国家博物馆总建筑面积近20万平方米，国博藏品数量为100余万件，展厅数量48个，是中华文物收藏量最丰富的博物馆之一，整体规模在世界博物馆中位居前列。